Самы старажытны дакумент, што датычыць ордэна бэрнардзінцаў у дачыненні да г. Гродна, паходзіць з 1494 г. Тады Аляксандр Ягелончык, вялікі літоўскі князь, запісаў манахам-бэрнардзінцам тэрыторыю даўняга княжаскага горада над Неманам, за яго межамі. Але ані касцёл, ані кляштар тады, праўдападобна, не былi пабудаваны.
    Хутчэй за ўсё, манахі-бэрнардзінцы прыбылі ў Гродна пад канец XVI ст. Справа будовы касцёла ажыла ў 1586 г., калі кароль Стэфан Баторый пацвердзіў вялікакняжаскі падарунак, і пачала набіраць рэальныя формы толькі ў 1595 г., калі пробашч Фарнага касцёла ў Гродне Канапацкі Фабіян звярнуўся да правінцыяла бэрнардзінцаў Гансёрка Бэнэдыкта з просьбай прыняць ахвяраванні. Сакалінская-Друцкая Ганна ахвяравала ім тэрыторыю даўнейшых каралеўскіх стайняў. Менавіта там бэрнардзінцы маглі ўзвесці часовы драўляны касцёлік Святога Крыжа. †

Святыня бэрнардзінцаў паўстала ў 1595 – 1600 г.г. у сваім першапачатковым выглядзе. Праўдападобна, гэта быў касцёл з калонамі, трохарачны. Пашырэнне святыні працягвалася да 1618 г. Пасля разбурэння аднанефнага корпуса першага касцёла была ўзведзена трохнефная чатырохарачная базыліка. Ад ранейшага першага касцёла застаўся цяпер прэзбітэрый у гатыцкім стылі.13 мая 1618 г. віленскі біскуп Валовіч Яўстахій кансэкраваў святыню, што ўвекавечыла ўмураваная ў другую паўночную калону святыні мармуровая дошка. Касцёл павінен быў праславіць сваіх заснавальнікаў.Высокая сцяна па-над калоннымі аркадамі была прызначана з самага пачатку для мастацкага афармлення і там былі намалёваны фрэскі з гербамі дабрадзеяў гродзенскіх бэрнардзінцаў.
    У 60-гады ХVII ст. пры касцёле існавала Ларэтанскае брацтва. Гэта пацвярджае “Індульгенцыя папы Аляксандра VII для членаў брацтва Ларэтанскага дома Божай Маці пры гродзенскім бэрнардзінскім кляштары”, што была выдана ў 1666 г. Гэтае брацтва павінна было мець сваё месца ў святыні, дзе стаяў алтар з фігурай Ларэтанскай Божай Маці. Гэта была невялічкая капліца, дабудаваная з боку паўночнага нефа, пры першай арцы. Зберагліся дзверы, што вядуць да яе.
    Наступны этап пашырэння касцёла прыпадае на 1679 г. Тады віленскі ваявода Пац Міхал атрымаў згоду пабудаваць драўляны палац на кляштарных землях. Узамен за гэта ён павінен быў узвесці, праўдападобна, Ларэтанскі домік перад фасадам касцёла. Гэтае будаўніцтва працягвалася ў 1679 – 1682 г.г. Смерць заснавальніка спыніла працу. Брат Паца Міхала, віленскі біскуп Пац Казімір, перадаў бэрнардзінцам цагельню і землі. У 1682 г. пачалася чарговая перабудова касцёла. Будаўнічыя не прадаўжалі ўзводзіць Ларэт, працы былі пастаўлены шырэй. Па лініі заходняга муру вежы намеціўся новы фасад. Такім спосабам касцёл быў павялічаны на чарговую пятую арку. Ужо ў 1683 г. да пятай аркі касцёла прысунулі музычныя хоры, а па іх абодвух баках паўсталі дзве вяршынныя капліцы. Будаўніцтва новага фасада працягвалася да 1686 г. і магчыма тады была паднята вежа. Новы фасад быў аздоблены наступнымі скульптурамі ў нішах: св. Алены, св. Антонія і св. Бэрнардына.
    У 1683 г. была ўзведзена капліца св. Барбары, а ў 1686 г. папа Інакенцій XI стварыў брацтва св. Барбары пры касцёле бэрнардзінцаў. Гэта капліца знаходзіцца ў апошняй арцы касцёла у паўночным боку (ці цяперашняя ларэтанская). Другая капліца, што ляжала насупраць, насіла імя св. Казіміра.
    У 1680 г. вялікі алтар быў узведзены нанова, а абраз Божай Маці быў заменены на распяцце, што існуе там да сённяшняга дня, што больш адпавядае назве касцёла. Сярод бакавых алтароў адзін, зроблены на сродкі Длускай Марыны, быў прысвечаны св. Антонію, іншы, з ахвяраванняў Вількоўскага, прысвечаны Чанстахоўскай Божай Маці. У 1680 – 1683 г.г. былі выкананы стэлы, аздобленыя скульптурнымі сцэнамі з жыцця св. Антонія. У 1687 г. гвардыян Гладавіцкі даў пазалаціць вялікі алтар і стэлы. А ў 1694 г. у касцёл прыбылі абразы з Вільні і алтары святых Францішка і Ганны.
    У 30-гады была адрэстаўравана вежа, а ў 1760 г. паўстаў алтар Беззаганнага Зачацця НПМ, зроблены на ахвяраванні Ленкевіча Адама. У XVIII ст. адбылося шмат змен у інтэр’еры касцёла. Менавіта тады з’явіліся найцэннейшыя элементы інтэр’еру, з ліку чаго толькі частка “дажыла” да сённяшняга дня. Яшчэ перад паловай XVIII ст. павінны былі з’явіцца арганы.
    У 1753 г. у Гродне адбыліся два вялікія пажары. Былі вялізарныя страты. Пасля гэтага бэрнардзінцы вымушаны былі адбудаваць знішчаную частку кляштара і вежу, канструкцыя якой была парушана агнём. Менавіта тады паўсталі два верхнія ярусы званіцы. Пасля аднаўлення вежы былі ўстаноўлены новыя званы замест знішчаных у агні.
    Чарговы пажар у 1782 г. спаліў частку цэнтра горада і фару. З-за знішчэнняў ад пажару быў пачаты рамонт унутры святыні. У 1788 г. у касцёле з’явіліся 12 новых алтароў, зробленых на ахвяраванні Чэрэнькевіча, у стылі класіцызму. Угары алтароў знаходзяцца стацыі Крыжовага шляху, а дзве - вісяць асобна на сценах касцёла. Тады ўсё унутры святыні было падпарадкавана духу класіцызму. Пасля 1788 г. капліцу св. Барбары замянілі на Ларэтанскую. Увесь касцёл атрымаў новыя фрэскі.
    З 14 снежня 1795 горад Гродна быў захоплены рускім самадзяржаўем. 14 красавіка 1853 г. наступіла ліквідацыя канвенту бэрнардзінцаў у горадзе над Нёманам. На той час у кляштары жыло 8 манахаў. З 1858 г. кляштар належаў да гарадскіх уладаў і там была сядзіба царскага войска. Пасля таго, як кляштар быў закрыты, манахі адправіліся ў Іўе. Касцёл атрымаў статус парафіяльнай святыні. З пачатку ХХ ст. касцёл быў грунтоўна адноўлены. Арганы на 30 галасоў былі пабудаваны ў 1911 г. з прыгожай драўлянай структуры з XVIII ст. Падчас Другой сусветнай вайны пабэрнардзінскі комплекс часткова згарэў. 22 чэрвеня 1941 г. бомба з нямецкага самалёта ўпала на яўрэйскія нафтасховішчы ля касцёла. З-за выбуху былі выбіты вокны, згарэў дах касцёла, кляштара і вежы. Пад грузамі зніклі цудоўныя XVIII-вечныя арганы і тры старыя алтары з капліцы св. Казіміра. Аднаўленчыя працы пачаліся хутка і ўжо ў 1946 г. святыня атрымала свой першапачатковы выгляд. У капліцы св. Казіміра быў пабудаваны алтар Сэрца Езуса.
    Пабэрнардзінскі касцёл ніколі не быў зачынены для вернікаў. З 1 верасня 1990 г. кляштар займае Вышэйшая духоўная семінарыя. У 1995 г. пачаўся пашыраны рамонт святыні, арганізаваны пробашчам, ксяндзом-пралатам Ханько Антоніем. У мінулым годзе была адноўлена і пафарбавана вежа. Плануецца дальнейшы рамонт.
    Пасля разбурэння савецкімі ўладамі Фары Вітаўта, Пабэрнардынскі касцёл з’яўляецца самай старэйшай каталіцкай святыняй у Гродне.