Parafia i Kościół w Naczy biorą swój początek od roku 1529.
    1529 r. - Maria, wdowa po Januszu Kościewiczu, z województwa podlaskiego, troszczy się o stworzenie parafii i funduje budownictwo kościoła.
    1756 r. - Książę Józef Kuczewski buduje na miejscu starego kościoła nowy - drewniany. Do nackiej parafii w tym czasie należało około 60 wiosek i parafia liczyła 9086 wiernych.
    1891 r. - wybudowana plebania.
    21 kwietnia 1900 r. - pozwolenie na budowę nowego kościoła we wsi Nacza.
    15 sierpnia 1900 r. - poświęcony kamień węgielny. Aktu poświęcenia dokonał ks. Karol Lubianiec, profesor Seminarium Duchownego w Wilnie.
    1910 r. - zbudowany nowy kościół z dwiema wieżami w stylu romańskim, cały wybudowany z czerwonej cegły, posadzkę wykonano z betonu. Długość kościoła wynosiła 76 arszynów, szerokość - 30 arszynów. Dach kościoła i wieże były pokryte ocynkowaną blachą. Parafia liczy 5142 wiernych. †

29 czerwca 1915 r. - podczas uroczystości św. Apostołów Piotra i Pawła do kościoła została przywieziona i umieszczona w głównym ołtarzu figura Jezusa Frasobliwego.
    1935 r. - parafia liczy 6605 wiernych.
    Do upadku Związku Radzieckiego parafia w Naczy obejmuje 45 wiosek, z nich - 18 na ziemi litewskiej i 27 - na ziemi białoruskiej.
    Obecnie w skład parafii wchodzi 14 wiosek: Nacza, Sołtaniszki, Alekszyszki, Mieżancy, Tołciszki, Wysokije, Mickancy, Bieluncy, Ginęli, Puzieli, Sołopiaciszki, Szawry, Maciuncy, Nowosady, w których mieszka 1180 wiernych.
    29 czerwca 2010 r., z okazji jubileuszu, w Naczy została odprawiona Msza św. przewodnictwem ks. bpa Aleksandra Kaszkiewicza. Homilię w 100. rocznicę zbudowania świątyni wygłosił ks. bp Antoni Dziemianko.